Bảo tàng tổng cục II tại số 322 đường Lê Trọng Tấn, quận Hoàng Mai – Hà Nội, nằm trên khuôn viện rộng 3.500m2, gồm phần trưng bày trong nhà và ngoài trời. Bảo tàng tổng cục II sở hữu 3.850 hiện vật, trong đó có nhiều hiện vật quý hiếm gắn liền với cuộc đời hoạt động của nhiều chiến sỹ tình báo xuấ sắc của Quân đội nhân dân Việt Nam. Với chức năng phục vụ công tác nghiên cứu, tham quan học tập, giác dục truyền thống. Bảo tàng tổng cục II chính thức được Bộ vắn hoá – Thông tin công nhận nằm trong hệ thống các Bảo tàng cấp 2 toàn quân.
Khởi động xây dựng từ năm 2001, tầng hai trưng bày của Bảo tàng gồm phòng khánh tiết, phòng chiếu phim và các gian trưng bày chuyên đề. Thăm một loạt các gian trưng bày, người xem có thể hình dung một cách khái quát quá trình ra đời, phát triển, chiến đấu của ngành dưới sự lãnh đạo của Đảng, Bác Hồ, sự quan tâm sâu sát chỉ đạo của Đảng uỷ Quân sự Trung ương và Bộ quốc phòng, thấy được tinh thần đoàn kết, thống nhất sự nỗ lực phấn đấu vượt qua khó khăn, thử thách, hy sinh của các thế hệ cán bộ chiến sỹ toàn Tổng cục hoàn thành nhiệm vụ được giao, góp phần tô thắm truyền thống “Trung dũng, kiên cường, độc lập sáng tạo, bí mật, khôn khéo, đoàn kết, quyết thắng”.
Hình tượng nổi bật ở phòng khách tiết là tượng Bác Hồ ở mặt trận Đông Khê năm 1950 được phỏng theo bức ảnh nổi tiếng của nhà nhiếp ảnh Vũ Năng An ghi lại sự kiện Bác đi chiến dịch biên giới và một số cán bộ chiến sỹ của ngành đã vinh dự được tháp tùng Bác. Biểu tượng đã khái quát tư tưởng Hồ Chí Minh với ngành tình báo, nhanh nhạy, kịp thời vụ cho cách mạng, xứng đáng là tai mắt của Đảng, của Quân đội.
Ngành tình báo quân đội đã vinh dự được Đảng, Nhà nước ghi nhận và trao tặng nhiều phần thưởng cao quý: Huân chương sao vàng, Huân chương Hồ Chí Minh, Huân chương độc lập, Huân chương chiến công, …
Thăm Bảo tàng tổng cục II, người xem tận mắt thấy những hiện vật đặc sắc gắn với từng còn người, từng tập thể mà chiến công của họ từng được xem như những huyền thoại trong hai cuộc kháng chiến giành độc lập, tự do của dân tộc. Tấm bản đồ Điện Biên Phủ được các chiến sỹ chinh sát tiểu đoàn 426 lấy được của địch tháng 12/1953 phục vụ kịp thời cho công tác tham mưu mặt trận, góp phần giúp cấp trên chỉ đạo tác chiến giành thắng lợi.
Vẫn còn đây mô hình đội thuyền 128 anh hùng, một trong những đội thuyền giao liên tiên phong đã mở “Đường mòn trên biển” để đưa đón cán bộ, vận chuyển vũ khí, tài liệu phục vụ cho cuộc chiến chống Mỹ cứu nước.
Chiếc chảo đồng gợi nhớ hình ảnh anh hùng Đinh Thị Vân, người đã dùng nó để rán bánh, sắc thuốc chữa bệnh và bám trụ hoạt động ở nội thành Sài Gòn. Bà là nữ anh hùng đầu tiên của ngành tình báo với hơn 30 năm hoạt động trong lòng địch và lập được nhiều chiến công. Cuộc đời bà là biểu tượng của tinh thần hy sinh vì nhiệm vụ với câu chuyện riêng nổi tiếng “Cưới vợ cho chồng để vào nam làm nhiệm vụ”.
Có thể nói mỗi hiện vận của Bảo tàng tổng cục II đều gắn liền với những chiến công thầm lặng của những con người sống trong bí mật, trong thầm lặng. Chiếc áo bao tải của đồng chí Minh Vân, kỷ vật mang theo về từ tử ngục chín hầm khét tiếng tàn bạo của chế độ Ngô Đình Diệm. Tại nơi này, 12 chiến sỹ ngành tình báo quận đội đã bị giam trong đó có 9 đồng chí đã hy sinh nhưng không một ai khuất phục trước sự tra tấn dã man của kẻ thù.
Chiếc Xích lô mang biến số S-1938 gán liền với cuộc đời hoạt động của anh hùng Tôn Minh Lai với 23 năm hoạt động trong vai ông già đạp Xích lô kiếm sống, vượt qua mọi ruồng bỏ, kiểm soát của gián điệp, mật thám, chỉ điểm của kẻ thù và hoàn thành xuất sắc nhiệm vụ đưa đón cán bộ, chuyển giao tài liệu.
Khẩu súng K45 như còn in dấu vân tay của anh hùng Nguyễn Văn Thương khi trên đường đi làm nhiệm vụ bị lộ, ông đã dùng để bắn cháy chiếc máy bay Caro của địch, tiêu diệt 19 tên lích Mỹ và một tên chiêu hồi. Biết ông nắm giữ bí mật về những đồng chí đang hoạt động trong lòng địch, kẻ thù đã dùng nhiều thủ đoạn hèn hạ nhằm mua chuộc ông. Không khuất phục được địch đã dùng nhiều cực hình với người chiến sỹ cách mạng kiên trung này, chúng cưa chân ông đến 6 lần. Nguyễn Văn Thương trở thành tấm gương trung kiên của người cộng sản, luôn giữ vững khí tiết chiến sỹ cách mạng bảo vệ đồng đội.
Ở vị trí trang trọng khác là những bức ảnh, hiện vật của tình báo, thiếu tướng, anh hùng Phạm Xuân Ẩn – một cán bộ tình báo xuất sắc, có nhiều đóng góp tiêu biểu cho sự nghiệp cách mạng của Đảng.
Huyền thoại tình báo Phạm Ngọc Thảo (chỉ đạo lật đổ chính quyền Nguyễn Khánh ở Sài Gòn ngày 19/2/1965)